O gerenciador de compilação do ASP.NET está construindo o site, percorrendo as pastas em ordem alfabética e, para cada pasta, descobre as dependências e cria as dependências primeiro e depois a pasta selecionada.
Nesse caso, a pasta problemática que é ~ / Controls é selecionada para ser criada no início, por um motivo ainda desconhecido, ela cria alguns dos controles lá como um assembly separado, em vez de dentro do mesmo assembly que outros controles (parece estar conectado ao fato de que alguns controles dependem de outros na mesma pasta).
Em seguida, a próxima pasta criada (~ / Centro de Arquivos / Controle) depende da pasta raiz ~ / que depende de ~ / Controls, portanto, a pasta ~ / Controls está sendo criada novamente somente desta vez os controles que foram separados Agora, a sua própria montagem agora está unida à mesma montagem que outros controles com a montagem separada ainda sendo referenciada.
Portanto, neste ponto, a montagem 2 (pelo menos) tem os mesmos controles e a compilação falha.
Embora ainda não saibamos por que isso aconteceu, fomos capazes de contorná-la alterando o nome da pasta Controls para ZControls, dessa forma, ela não foi criada antes do ~ / File-Center / Control, somente depois e dessa forma. Como deveria.