Eu nunca usei GTK, mas pela minha experiência pessoal usando Qt:
É muito mais do que uma simples GUI. É toda uma estrutura de aplicativo. Eu costumava pensar nisso como as bibliotecas Java para C ++. Ele fornece tudo o que você menciona - banco de dados, XML, rede e threading e muito mais. Ele também fornece itens como contêineres e iteradores, e contrapartes para várias bibliotecas de impulso.
O que mais me impressionou quando comecei a usar o Qt foi a documentação extremamente extensa. Você obtém um programa chamado Qt Assistant, que fornece documentação de API totalmente indexada e pesquisável em sua área de trabalho, bem como vários exemplos de código e tutoriais. Descobri que faz uma grande diferença ao pesquisar informações da API todas as vezes. Acesso muito rápido quando você precisa se lembrar de uma assinatura de método.
Não tenho certeza do que é mais comum; provavelmente é difícil medir com precisão. Eles são certamente populares. Como o Gnome é a área de trabalho padrão do Ubuntu, e o Gnome fica sobre o GTK, ele obviamente tem uso generalizado. Claro, o KDE também é muito popular. A Nokia está empurrando fortemente o Qt no espaço móvel - seu sistema operacional Maemo, usado no novo N900 por exemplo, em breve mudará para o Qt como o kit de ferramentas padrão (atualmente é GTK.) Eu acredito que o Qt também se tornará em breve o kit de ferramentas padrão para Symbian OS.
Eu não usei o Qt Creator, mas ouvi muitas coisas boas sobre ele. É um IDE C ++ com óbvia integração pesada com Qt. Ele também tem emulação vim falsa, o que é sempre bom se você gosta desse tipo de coisa!
Qt usa qmake para configuração de compilação. Achei isso muito melhor do que ter que escrever seus próprios makefiles. Não sei o que o GTK usa para construção.
Algumas coisas que achei um pouco desagradáveis com o Qt no início foram o grande uso de macros de pré-processador. O sistema de sinais / slots fornece um bom mecanismo para a passagem de eventos / mensagens em seu aplicativo, mas parece um pouco mágica que pode não ser facilmente transportável para outro kit de ferramentas, se você quiser. Além disso, o moc (compilador de meta-objeto), embora eu não tenha certeza do que ele faz, também parece um pouco mágico acontecendo nos bastidores.
No geral, porém, eu recomendaria o Qt, especialmente se você estiver aprendendo. Ele tem uma documentação realmente incrível, um bom IDE e fóruns ocupados. Você será capaz de construir aplicativos C ++ muito rapidamente com ele, particularmente com o QML que vem em 4.7.