Este código funciona para mim: eu defino valores com um INSERT e obtenho o LAST_INSERT_ID () deste valor com um SELECT; Eu uso java NetBeans 8.1, MySql e java.JDBC.driver
try {
String Query = "INSERT INTO `stock`(`stock`, `min_stock`,
`id_stock`) VALUES ("
+ "\"" + p.get_Stock().getStock() + "\", "
+ "\"" + p.get_Stock().getStockMinimo() + "\","
+ "" + "null" + ")";
Statement st = miConexion.createStatement();
st.executeUpdate(Query);
java.sql.ResultSet rs;
rs = st.executeQuery("Select LAST_INSERT_ID() from stock limit 1");
rs.next(); //para posicionar el puntero en la primer fila
ultimo_id = rs.getInt("LAST_INSERT_ID()");
} catch (SqlException ex) { ex.printTrace;}