Substitua todos os valores particulares em um quadro de dados

Tendo um quadro de dados, como faço para substituir todos os valores particulares ao longo de todas as linhas e colunas. Digamos, por exemplo, que eu queira substituir todos os registros vazios por NA's (sem digitar as posições):

df <- data.frame(list(A=c("", "xyz", "jkl"), B=c(12, "", 100)))

    A   B
1      12
2  xyz    
3  jkl 100

Resultado esperado:

    A   B
1  NA   12
2  xyz  NA  
3  jkl  100

Como isso:

> df[df==""]<-NA
> df
     A    B
1 <NA>   12
2  xyz <NA>
3  jkl  100

Como PikkuKatja e glallen pediram uma solução mais geral e ainda não posso comentar, escreverei uma resposta. Você pode combinar afirmações como em:

> df[df=="" | df==12] <- NA
> df
     A    B
1  <NA> <NA>
2  xyz  <NA>
3  jkl  100

Para fatores, o código do zxzak já produz fatores:

> df <- data.frame(list(A=c("","xyz","jkl"), B=c(12,"",100)))
> str(df)
'data.frame':   3 obs. of  2 variables:
 $ A: Factor w/ 3 levels "","jkl","xyz": 1 3 2
 $ B: Factor w/ 3 levels "","100","12": 3 1 2

Se estiver com problemas, sugiro abandonar temporariamente os fatores.

df[] <- lapply(df, as.character)

Aqui estão algumas dplyropções:

library(dplyr)

# all columns:
df %>% 
  mutate_all(~na_if(., ''))

# specific column types:
df %>% 
  mutate_if(is.factor, ~na_if(., ''))

# specific columns:  
df %>% 
  mutate_at(vars(A, B), ~na_if(., ''))

# or:
df %>% 
  mutate(A = replace(A, A == '', NA))

# replace can be used if you want something other than NA:
df %>% 
  mutate(A = as.character(A)) %>% 
  mutate(A = replace(A, A == '', 'used to be empty'))

Podemos usar data.table para obtê-lo rapidamente. Primeiro crie df sem fatores,

df <- data.frame(list(A=c("","xyz","jkl"), B=c(12,"",100)), stringsAsFactors=F)

Agora você pode usar

setDT(df)
for (jj in 1:ncol(df)) set(df, i = which(df[[jj]]==""), j = jj, v = NA)

e você pode convertê-lo de volta para um data.frame

setDF(df)

Se você deseja apenas usar data.frame e manter fatores, é mais difícil, você precisa trabalhar com

levels(df$value)[levels(df$value)==""] <- NA

onde valor é o nome de cada coluna. Você precisa inseri-lo em um loop.

Se você deseja substituir vários valores em um quadro de dados, o loop em todas as colunas pode ajudar.

Digamos que você queira substituir ""e 100:

na_codes <- c(100, "")
for (i in seq_along(df)) {
    df[[i]][df[[i]] %in% na_codes] <- NA
}