Eu tive o mesmo problema e acabei descobrindo que esse parece ser um bug conhecido no DALI (Eclipse Java Persistence Tools) desde pelo menos o eclipse 3.8, que pode fazer com que a ação de salvar no editor java seja extremamente lenta .
Como isso ainda não foi totalmente resolvido no Kepler (20130614-0229) e como não preciso do JPT / DALI no eclipse, acabei removendo manualmente os org.eclipse.jptrecursos e os plugins.
O que eu fiz foi:
1.) sair do eclipse
2.) vá para o meu diretório de instalação do eclipse
cd eclipse
e execute estas etapas:
* nix:
mkdir disabled
mkdir disabled/features disabled/plugins
mv plugins/org.eclipse.jpt.* disabled/plugins
mv features/org.eclipse.jpt.* disabled/features
janelas:
mkdir disabled
mkdir disabled\features
mkdir disabled\plugins
move plugins\org.eclipse.jpt.* disabled\plugins
for /D /R %D in (features\org.eclipse.jpt.*) do move %D disabled\features
3.) Reinicie o eclipse.
Após a inicialização e o primeiro uso, o eclipse pode avisá-lo de que você precisa reconfigurar seu assistente de conteúdo . Faça isso na sua caixa de diálogo de preferências.
Feito.
Depois de desinstalar o DALI / JPT, meu eclipse se sente bem novamente. Não há mais interface do usuário bloqueada e espera por segundos ao salvar um arquivo.