Embora um pouco tarde, me deparei com esta pergunta enquanto procurava a solução para o mesmo problema, então espero que possa ser de alguma ajuda ...
Encontrei-me na mesma escuridão que você. Acabei de encontrar este artigo, que explica algumas novas dicas introduzidas no NetBeans 7.4, incluindo esta:
https://blogs.oracle.com/netbeansphp/entry/improve_your_code_with_new
A razão pela qual foi adicionado é porque as superglobais geralmente são preenchidas com entradas do usuário, que nunca deveriam ser cegamente confiáveis. Em vez disso, algum tipo de filtragem deve ser feito, e é isso que a dica sugere. Filtre o valor superglobal caso ele tenha algum conteúdo envenenado.
Por exemplo, onde eu tinha:
$_SERVER['SERVER_NAME']
Eu coloquei em vez disso:
filter_input(INPUT_SERVER, 'SERVER_NAME', FILTER_SANITIZE_STRING)
Você tem o documento filter_input e filtros aqui:
http://www.php.net/manual/en/function.filter-input.php
http://www.php.net/manual/en/filter.filters.php