Eu estava enfrentando o mesmo problema, e isso me levou até a parede. O problema acabou sendo que a pasta .idea JÁ estava confirmada no repositório anteriormente e, portanto, eles estavam sendo rastreados pelo git, independentemente de você os ter ignorado ou não. Eu recomendaria o seguinte, depois de fechar o RubyMine / IntelliJ ou qualquer IDE que você esteja usando:
mv .idea ../.idea_backup
rm .idea # in case you forgot to close your IDE
git rm -r .idea
git commit -m "Remove .idea from repo"
mv ../.idea_backup .idea
Depois, certifique-se de ignorar .idea no seu .gitignore
Embora seja suficiente ignorá-lo no .gitignore do repositório, sugiro que você ignore globalmente os arquivos de pontos do seu IDE.
Caso contrário, você precisará adicioná-lo a todos os .gitgnore para cada projeto em que trabalha. Além disso, se você colaborar com outras pessoas, é recomendável não poluir o .gitignore do projeto com uma configuração privada que não é específica ao código-fonte do projeto.