Se for GNU diff, você poderá apontá-lo para os dois diretórios e usar a opção -r.
Caso contrário, tente usar
for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done
NB Como apontado por Dennis na seção de comentários, você realmente não precisa fazer a substituição de comando no ls. Faço isso há tanto tempo que praticamente o faço no piloto automático e substituindo o comando necessário para obter minha lista de arquivos para comparação.
Também esqueci de adicionar que eu faço '\ ls' para desativar temporariamente meu apelido de ls no GNU ls, para que eu perca as informações de formatação de cores da lista retornada pelo GNU ls.
diff
comando baixando os utilitários GNU para Win32 .