Eu iria com Doutrina. Parece-me que é um projeto muito mais ativo e, sendo o ORM padrão do symfony, ele é melhor suportado (mesmo que oficialmente os ORMs sejam considerados iguais).
Além disso, eu gosto mais da maneira como você trabalha com consultas (DQL em vez de Critérios):
<?php
// Propel
$c = new Criteria();
$c->add(ExamplePeer::ID, 20);
$items = ExamplePeer::doSelectJoinFoobar($c);
// Doctrine
$items = Doctrine_Query::create()
->from('Example e')
->leftJoin('e.Foobar')
->where('e.id = ?', 20)
->execute();
?>
(A implementação da Doutrina é muito mais intuitiva para mim).
Além disso, eu realmente prefiro a maneira como você gerencia as relações no Doctrine.
Acho que vale a pena ler esta página da documentação do Doctrine: http://www.doctrine-project.org/documentation/manual/1_2/en/introduction:doctrine-explained
Resumindo: se eu estivesse iniciando um novo projeto ou tivesse que escolher entre aprender Doutrina e Propel, eu iria para Doutrina qualquer dia.