Eu tive o mesmo problema.
minha abordagem: armazenando dados do projeto em um diretório gerenciado pelo owncloud
O Projeto X é criado na estação de trabalho A, com um caminho personalizado apontando para um novo subdiretório da minha hierarquia ownCloud. O espaço de trabalho padrão ainda está residindo no sistema de arquivos de A.
Quando estou sentado na estação de trabalho BI, abra o espaço de trabalho local padrão (local em B) e crie um novo projeto usando as fontes existentes no diretório ownCloud "sincronizado".
Basta clicar em atualizar sempre que você iniciar o eclipse e tiver os dados atuais do projeto. A sincronização é executada automaticamente em segundo plano, portanto, tenha cuidado ao terminar de fechar o eclipse e dar à ownCloud a chance de fazer upload dos novos arquivos no servidor ownCloud.
Tomcat ou outros servidores estão rodando localmente, a configuração é copiada manualmente entre as máquinas via scp. Isso acontece apenas se houver alterações na configuração do servidor, o que não é muito frequente.
Eu não tive problemas de compatibilidade usando o NEON 2 (arch linux) e o NEON 3 (baixe uma execução no debian stretch) com JDKs diferentes ainda.
Atenciosamente Armin