Sei que essa é uma pergunta antiga, mas não encontrei nenhuma resposta que resolvesse esse problema para mim, então vou fornecer minha solução.
Observação: achei que o problema fosse esse , mas meu problema não estava relacionado à implementação da mesma interface duas vezes. O uso @Qualitierfez meu problema desaparecer, mas era um curativo e não uma solução adequada, então não resolvi com isso.
FUNDO
Tenho a tarefa de manter um projeto antigo que passou por diferentes versões do spring e só foi atualizado para módulos separados, então as coisas precisavam de refatoração, para dizer o mínimo. Eu tinha inicialmente obtido o problema do bean duplicado e mexer nas coisas mudou o problema entre o problema do OP e o problema do bean duplicado, embora houvesse apenas um bean; navegar para os beans duplicados sempre foi para a mesma classe.
O PROBLEMA
O problema estava presente em uma @Repositoryaula que estava @Autowiredem uma @Serviceaula que também contava com a @ComponentScananotação. Percebi que também tinha um spring application-config.xmlque estava fazendo um context:component-scanno pacote básico, que acredito ser a abordagem original nas versões mais antigas do Spring. Eu estava no processo de fazer um novo ramo, pegando partes de um ramo antigo e um ramo mais novo em um projeto de suporte que foi usado em diferentes projetos que foram desenvolvidos ao longo de vários anos e é por isso que houve tal combinação de metodologias.
SOLUÇÃO SIMPLES
Como a abordagem mais moderna de uso @ComponentScanjá estava implementada, apenas removi o application-config.xmle o problema foi resolvido.