Você deve estar ciente de que várias ferramentas de rastreamento, como o Google Analytics, também usam cookies em seu domínio e você não deseja excluí-los, se quiser ter dados corretos no GA.
A única solução que consegui fazer funcionar foi definir os cookies existentes como nulos. Não consegui excluir os cookies do cliente.
Portanto, para desconectar um usuário, eu uso o seguinte:
setcookie("username", null, time()+$this->seconds, "/", $this->domain, 0);
setcookie("password", null, time()+$this->seconds, "/", $this->domain, 0);
Claro que isso não exclui TODOS os cookies.