Estou usando o RStudio para escrever documentos markdown e quero adicionar índice (TOC) na parte superior dos documentos para que o usuário possa clicar na seção relevante para leitura. Houve alguns exemplos relevantes em rpubs, mas agora não consigo encontrá-los. Observe que eu não uso pandoce sou muito novo em Rmd& knitr. Existe alguma maneira de adicionar TOCs sem usar pandoc? Se usar pandocé necessário, quais funções são relevantes?

EDITAR

Aqui está uma pequena página de amostra:

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title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: united
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Header 1
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This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
    
## Header 2
When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
    
```{r}
summary(cars)
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
### Header 3
Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Tentei rodar no RStudio v 0.98.864 e funcionou! mas, infelizmente, não funcionou em 0.98.501 e 0.98.507. Estou trabalhando na minha tese em 0.98.501 e depois de atualizar o RStudio, algumas das minhas análises não funcionaram. Então, eu voltei para 0,98.501. O que eu deveria fazer agora? Eu realmente quero TOCs, mas sem prejudicar os resultados de outras análises.

A sintaxe é

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title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: united
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na documentação . Certifique-se de que esteja no início do seu documento. Além disso, certifique-se de que seu documento realmente tenha cabeçalhos, caso contrário R não poderá dizer o que você deseja no índice analítico.

Sintaxe com mais opções:

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title: "Planets"
author: "Manoj Kumar"
date: "`r format(Sys.time(), '%B %d, %Y')`"
output: 
  html_document:
    toc: true # table of content true
    toc_depth: 3  # upto three depths of headings (specified by #, ## and ###)
    number_sections: true  ## if you want number sections at each table header
    theme: united  # many options for theme, this one is my favorite.
    highlight: tango  # specifies the syntax highlighting style
    css: my.css   # you can add your custom css, should be in same folder
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Se você estiver usando pdf_document, convém adicionar índice em uma nova página, o que toc: truenão permite. Coloca o índice logo após o título do documento, autor e data - porque está no yaml.

Se você quiser tê-lo em uma nova página, deverá usar alguma linguagem látex. Aqui está o que eu fiz.

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title: \vspace{3.5in}"Title"
author: "Name"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
   pdf_document:
      fig_caption: true
      number_sections: true
---

\newpage # adds new page after title
\tableofcontents # adds table of contents
\listoffigures
\listoftables
\newpage

Então, depois de yaml (o pedaço entre ---), adicionei uma nova página usando \newpage, então um índice usando \tableofcontents, uma lista de figuras usando \listoffigures, uma lista de tabelas \listoftablese uma nova página antes de tudo mais.

Observe que \vspace{3in}no título adiciona um espaço vertical de 3 polegadas a partir do topo antes de imprimir o yaml (título, etc.).

Leia mais aqui: https://www.sharelatex.com/learn/Table_of_contents