Segui as instruções aqui: http://crazytoon.com/2007/07/23/mysql-changing-runtime-variables-with-out-restarting-mysql-server/ mas isso parece apenas definir o limite.
Preciso fazer mais alguma coisa, como definir o caminho do arquivo?
De acordo com os documentos do MySQL
Se nenhum valor de file_name for fornecido para --log-slow-queries, o nome padrão é host_name-slow.log. O servidor cria o arquivo no diretório de dados, a menos que um nome de caminho absoluto é fornecido para especificar um diretório diferente.
Corrida
MOSTRAR VARIÁVEIS
não indica nenhum caminho de arquivo de log e não vejo nenhum arquivo de log de consulta lenta em meu servidor ...
EDITAR
Parece que estou usando a versão 5.0.77 do servidor, então precisava fazer:
SET GLOBAL log_slow_queries = 1;
mas recebo: ERROR 1238 (HY000): a variável 'log_slow_queries' é uma variável somente leitura
Presumo que vou precisar reiniciar o servidor e ter log_slow_queries definido em minha configuração.