Marcação é um termo da edição impressa - o editor examinaria o texto e acrescentaria anotações (ou seja, em itálico e em negrito) para as impressoras usarem na produção da versão final. Isso foi chamado de marcação do texto.
Uma linguagem de marcação de computador é apenas uma abreviação padronizada para esse tipo de anotação.
O HTML é basicamente a linguagem de marcação padrão da Web, mas é bastante detalhada.
Uma lista em HTML:
<ul>
<li>Item one</li>
<li>Item two</li>
</ul>
Markdown é uma linguagem de marcação específica, com sua própria sintaxe simples.
Uma lista no Markdown:
* Item one
* Item two
Ambos funcionarão nas suas postagens de stackoverflow.
O markdown não pode fazer tudo o que o HTML pode, mas ambos são linguagens de marcação.