Solução alternativa
Você pode ter recebido um e-mail do GitHub informando que Jekyll não teve sucesso na construção do seu site quando você o empurrou para o seu gh-pages. Se for esse o caso, você pode tentar forçar o push para acionar outro build.
Se você usar uma pasta dedicada para o site final, digamos uma publicpasta, você pode tentar reconstruir sua pasta e adicionar a pasta às suas alterações confirmadas. Depois disso, você precisará dividir esses arquivos em seu gh-pagesbranch e forçá-los a acionar outra compilação, mesmo que os arquivos não tenham mudado. O resto do código abaixo apenas remove os commits para a publicpasta por conveniência e remove-os do sistema de arquivos local.
Código
git add public
git commit -am ":bug: triggering another jekyll build"
git push origin $(git subtree split --prefix public master):gh-pages --force
git reset HEAD~1
rm -rf public
Dicas
Se houver alterações não confirmadas que não fazem parte do site final, você pode armazená-las com o seguinte comando.
git stash
Em seguida, execute o comando acima para forçar manualmente a compilação do Jekyll e removê-los do stash.
git stash pop
Referências