Eu uso isso para remover um arquivo do repositório:
hg remove <full file path>
Que comando você pode usar para executar um hg removeem todos os arquivos que foram excluídos localmente?
Por excluídos localmente, quero dizer aqueles que aparecem !quando você o faz hg status.
Para adições, basta hg addadicionar todos os novos arquivos (os prefixados ?).