No Windows 10 de 64 bits, você precisa fazer o seguinte:
1. Excluir entradas do registro
HKEY_CLASSES_ROOT \ Directory \ background \ shell \ git_gui
HKEY_CLASSES_ROOT \ Directory \ background \ shell \ git_shell
HKEY_CLASSES_ROOT \ Directory \ Shell \ git_gui
HKEY_CLASSES_ROOT \ Directory \ Shell \ git_shell
Por conveniência ou se você deseja automatizar a remoção (por exemplo, para usar após a atualização do choco), você pode executar no Powershell (executar como Admin):
New-PSDrive -Name HKCR -PSProvider Registry -Root HKEY_CLASSES_ROOT | Out-Null
Remove-Item -Path "HKCR:\Directory\shell\git_gui" -Recurse
Remove-Item -Path "HKCR:\Directory\shell\git_shell" -Recurse
Remove-Item -Path "HKCR:\Directory\Background\shell\git_gui" -Recurse
Remove-Item -Path "HKCR:\Directory\Background\shell\git_shell" -Recurse
2. Cancele o registro da DLL de extensões do shell para remover entradas de menu adicionais (clone do GitExt ..., GitExt Create New Repository, etc.):
regsvr32 /u "C:\Program Files (x86)\GitExtensions\GitExtensionsShellEx64.dll"