Eu tive o mesmo problema. Eu tinha um arquivo PNG em um pacote Java e ele não foi exportado no JAR final junto com as fontes, o que fez o aplicativo travar ao iniciar (arquivo não encontrado).
Nenhuma das respostas acima resolveu meu problema, mas encontrei a solução nos fóruns do Gradle. Eu adicionei o seguinte ao meu build.gradle
arquivo:
sourceSets.main.resources.srcDirs = [ "src/" ]
sourceSets.main.resources.includes = [ "**/*.png" ]
Diz ao Gradle para procurar recursos no src
pasta e pede que inclua apenas arquivos PNG.
EDIT: Cuidado que se você estiver usando o Eclipse, isso irá interromper suas configurações de execução e você receberá um main class not found
erro ao tentar executar seu programa. Para corrigir isso, a única solução que encontrei é mover a (s) imagem (ns) para outro diretório, res/
por exemplo, e defini-la como em srcDirs
vez de src/
.