Não importa qual seja o padrão no arquivo build.gradle - em um esforço de desenvolvimento baseado em equipe, você realmente deve usar um gerenciador de repositório como o Sonatype Nexus ou o JFrog Artifactory e não referenciar esses repositórios upstream diretamente.
Isso permitirá que você economize muita largura de banda, combine ambos e muitos outros repositórios e gerencie tudo em sua própria rede.
Em termos de Maven Central vs JCenter. O JCenter é um esforço do JFrog para abraçar, estender (e exterminar?) O Maven Central. O Maven Central é o repositório padrão no Maven, SBT e outros, enquanto o Gradle mudou para o JCenter. Isso não surpreende, considerando que o JFrog e o Gradleware trabalham juntos como empresas. Como o SDK do Android usa o Gradle como sistema de compilação agora, a mudança para o JCenter foi o próximo passo lógico.
O JCenter em si é um revestimento fino em cima do Maven Central. Ele o proxies (com mais ou menos sucesso) e adiciona componentes adicionais. Ambos estão hospedados em redes CDN e têm alto desempenho. O Maven Central em si é o alvo de todos os projetos de código aberto do Eclipse, Apache e da maioria dos outros aplicativos de código aberto, e sem ele o JCenter ficaria praticamente vazio.
O uso de qualquer um deles funcionará bem, mas eu sugiro ir direto à fonte onde você puder e, além disso, assumir o controle usando um gerenciador de repositório. O Nexus Open Source, por exemplo, é gratuito e tem suporte para repositórios Maven, usados por Maven, Gradle, SBT, Ivy e outros, além do NuGet, NPM e RubyGems.
Isenção de responsabilidade: eu sou o autor do Repository Management with Nexus e do Nexus trainer da Sonatype, o patrocinador do Central Repository gratuito, o líder do projeto do Android Maven Plugin e levei algumas bibliotecas Android para a Central, reconstruindo a partir do AOSP.