Experimente o bom ghostscript:
gs -dBATCH -dNOPAUSE -q -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=merged.pdf mine1.pdf mine2.pdf
ou mesmo desta maneira para uma versão melhorada para PDFs de baixa resolução (obrigado Adriano por apontar isso):
gs -dBATCH -dNOPAUSE -q -sDEVICE=pdfwrite -dPDFSETTINGS=/prepress -sOutputFile=merged.pdf mine1.pdf mine2.pdf
Em ambos os casos, a resolução da saída é muito maior e melhor que essa usando o convert:
convert -density 300x300 -quality 100 mine1.pdf mine2.pdf merged.pdf
Dessa forma, você não precisaria instalar mais nada, apenas trabalhe com o que você já instalou no seu sistema (pelo menos os dois vêm por padrão no meu rhel).
Espero que isto ajude,
ATUALIZAÇÃO: obrigado por todos os seus comentários legais !! apenas uma dica que pode funcionar para vocês, depois de pesquisar no Google, achei um truque excelente para diminuir o tamanho de PDFs, reduzi um PDF de 300 MB para apenas 15 MB com uma resolução aceitável! e tudo isso com o bom fantasma, aqui está:
gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dPDFSETTINGS=/default -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -dDetectDuplicateImages -dCompressFonts=true -r150 -sOutputFile=output.pdf input.pdf
Felicidades!!