O Maven Central e o JCenter são basicamente equivalentes, da perspectiva do usuário.
A razão pela qual existem dois grandes repositórios é que o Maven Central é apoiado pela Sonatype, a empresa por trás do Maven e, especialmente, pelo Nexus, um repositório Maven que eles vendem para empresas.
O JCenter é apoiado pela JFrog, a empresa por trás da Artifactory, uma concorrente da Nexus. Pelo que me lembro, a JFrog também apoiou Gradle por um tempo, como concorrente de Maven.
Portanto, no final, trata-se de empresas concorrentes que oferecem serviços gratuitos para tentar atrair clientes para suas ofertas empresariais de nível superior.
A menos que você tenha um motivo muito específico para usar um deles, você pode basicamente jogar uma moeda para escolher uma.