No meu caso, arrasto e soltei vários arquivos na janela do projeto Xcode para adicioná-los. Ele fez cópias no meu diretório de origem, mas não as colocou onde eu queria que elas fossem (as colocou na raiz do meu diretório, eu as queria em um subdiretório). Sem pensar, peguei-os no Finder e os movi para o diretório em que os queria. Depois de voltar à janela do projeto, é claro que não consegui encontrá-los, então os apaguei na janela e os adicionei novamente. Depois de compilar, comecei a receber esses erros.
Eu pensei, como algumas menções acima, que era um problema do git, mas quando eu executei "git ls-tree - full-tree -r HEAD" eu não vi os arquivos?
De qualquer forma, para corrigir tudo o que fiz, usei o comando de menu "Adicionar arquivo ..." para adicionar cada um dos arquivos ao local padrão, fazer uma compilação limpa e excluí-los da janela do projeto (usando mover para a lixeira) e se livrou de todos os erros.