Eu usei uma variante da solução de Mateo. Eu estou usando isso em arquivos Rmd escritos em github flavored markdown (gfm) para um site movido a Jekyll, mas os mesmos arquivos Rmd estão sendo usados para produzir pdfs em vários contextos. Os arquivos Rmd são pesados em matemática e a matemática é exibida com o MathJax no site. Então, eu precisava de uma solução que funcione com o gfm que seja processada via Jekyll, que funcione com o pandoc-> pdflatex e que seja compatível com o MathJax.
trecho do arquivo Rmd (que é gfm)
Here is a paragraph with an footnote <span id="a1">[[1]](#f1)</span>.
Footnotes
=========
1. <span id="f1"></span> This is a footnote. [$\hookleftarrow$](#a1)
$\hookleftarrow$
é látex, o que funciona para mim, pois sempre tenho o MathJax ativado. Eu uso isso para garantir que ele apareça corretamente nos meus PDFs. Coloco minhas notas de rodapé entre colchetes porque o sobrescrito é confuso se eu estiver colocando uma nota de rodapé em alguma matemática embutida.
Aqui está em ação: https://eeholmes.github.io/posts/2016-5-18-FI-recursion-1/
Essas notas podem ser colocadas em qualquer lugar no Rmd. Estou colocando uma lista no final para que sejam notas técnicas.