1. Você não pode soletrar
A primeira coisa a testar é que você digitou o nome do pacote corretamente? Os nomes dos pacotes diferenciam maiúsculas de minúsculas em R.
2. Você não procurou no repositório certo
Em seguida, você deve verificar se o pacote está disponível. Tipo
setRepositories()
Veja também ? SetRepositories .
Para ver quais repositórios o R procurará seu pacote e, opcionalmente, selecione alguns adicionais. No mínimo, você geralmente desejará CRANser selecionado e, CRAN (extras)se usar o Windows e os Bioc*repositórios, se fizer alguma[gen / prote / metabol / transcript] omics análises biológicas.
Para alterar isso permanentemente, adicione uma linha como setRepositories(ind = c(1:6, 8))no seu Rprofile.sitearquivo.
3. O pacote não está nos repositórios que você selecionou
Retorne todos os pacotes disponíveis usando
ap <- available.packages()
Veja também nomes de pacotes disponíveis de R , ? Available.packages .
Como essa é uma matriz grande, convém usar o visualizador de dados para examiná-la. Como alternativa, você pode verificar rapidamente se o pacote está disponível testando os nomes das linhas.
View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)
Como alternativa, a lista de pacotes disponíveis pode ser vista em um navegador para CRAN , CRAN (extras) , Biocondutor , R-forge , RForge e github .
Outra possível mensagem de aviso que você pode receber ao interagir com os espelhos CRAN é:
Warning: unable to access index for repository
O que pode indicar que o repositório CRAN selecionado não está disponível no momento. Você pode selecionar um espelho diferente chooseCRANmirror()e tentar a instalação novamente.
Existem várias razões pelas quais um pacote pode não estar disponível.
4. Você não quer um pacote
Talvez você realmente não queira um pacote. É comum ficar confuso sobre a diferença entre um pacote e uma biblioteca ou um pacote e um conjunto de dados.
Um pacote é uma coleção padronizada de material que estende R, por exemplo, fornecendo código, dados ou documentação. Uma biblioteca é um local (diretório) onde R sabe encontrar pacotes que pode usar
Para ver os conjuntos de dados disponíveis, digite
data()
5. R ou biocondutor está desatualizado
Pode ter dependência de uma versão mais recente do R (ou de um dos pacotes que importa / depende). Olhe para a
ap["foobarbaz", "Depends"]
e considere atualizar sua instalação do R para a versão atual. No Windows, isso é feito com mais facilidade através do installrpacote.
library(installr)
updateR()
(Claro, você pode precisar install.packages("installr")primeiro.)
Equivalentemente para pacotes de biocondutores, pode ser necessário atualizar a instalação do biocondutor.
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")
6. O pacote está desatualizado
Pode ter sido arquivado (se não for mais mantido e não passar mais nos R CMD checktestes).
Nesse caso, você pode carregar uma versão antiga do pacote usando install_version()
library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")
Uma alternativa é instalar a partir do espelho github CRAN.
library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")
7. Não há binário Windows / OS X / Linux
Pode não haver um binário do Windows devido à necessidade de software adicional que o CRAN não possui. Além disso, alguns pacotes estão disponíveis apenas através das fontes para algumas ou todas as plataformas. Nesse caso, pode haver uma versão no CRAN (extras)repositório (veja setRepositoriesacima).
Se o pacote exigir código de compilação (por exemplo, C, C ++, FORTRAN), no Windows, instale o Rtools ou no OS X, instale as ferramentas do desenvolvedor que acompanham o XCode e instale a versão de origem do pacote via:
install.packages("foobarbaz", type = "source")
# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")
No CRAN, você pode dizer se precisará de ferramentas especiais para criar o pacote a partir do código-fonte, observando o NeedsCompilationsinalizador na descrição.
8. O pacote está no github / Bitbucket / Gitorious
Pode ter um repositório no Github / Bitbucket / Gitorious. Esses pacotes requerem a remotesinstalação do pacote.
library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")
(Da mesma forma installr, você pode precisar install.packages("remotes")primeiro.)
9. Não há versão de origem do pacote
Embora a versão binária do seu pacote esteja disponível, a versão de origem não está. Você pode desativar essa verificação configurando
options(install.packages.check.source = "no")
conforme descrito nesta resposta do SO por imanuelc e na seção Detalhes de ?install.packages.
10. O pacote está em um repositório não padrão
Seu pacote está em um repositório não padrão (por exemplo Rbbg). Supondo que seja razoavelmente compatível com os padrões CRAN, você ainda pode fazer o download usando install.packages; você apenas precisa especificar o URL do repositório.
install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")
RHIPEpor outro lado, não está em um repositório do tipo CRAN e tem suas próprias instruções de instalação .