Controlar o tamanho dos pontos em um gráfico de dispersão R?

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Em R, a plot()função recebe um pchargumento que controla a aparência dos pontos no gráfico. Estou fazendo gráficos de dispersão com dezenas de milhares de pontos e prefiro um ponto pequeno, mas não muito pequeno. Basicamente, acho pch='.'que é muito pequeno, mas pch=19muito gordo. Existe algo no meio ou alguma forma de diminuir os pontos de alguma forma?

r plot scatter-plot

— usuario
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Em vez de tornar os pontos menores, há uma maneira de representar graficamente, digamos, que 100 pontos de dados aleatórios seriam mais fáceis de ver do que 1000?

— user2363642

Para muitos pontos pequenos, usar alfa (transparência) pode tornar um gráfico de dispersão muito mais informativo do que apenas usar menos pontos para representá-lo.

Sugiro não usar pch='.', ficará descentralizado. Fonte: Eu costumava usar com pch='.'frequência

— geneorama

@geneorama Você quer dizer usar em ·vez de .?

— nanaki

@nanaki mais ou menos, mas estranhamente seu símbolo aparece como pequenas caixas quando eu o uso em R. As respostas abaixo explicam bem a abordagem certa.

— geneorama

Respostas:

100

Experimente o cexargumento:

?par

cex
Um valor numérico que fornece a quantidade pela qual o texto e os símbolos de plotagem devem ser ampliados em relação ao padrão. Observe que algumas funções gráficas, como plot.default, têm um argumento com esse nome que multiplica esse parâmetro gráfico, e algumas funções, como pontos, aceitam um vetor de valores que são reciclados. Outros usos terão apenas o primeiro valor se um vetor de comprimento maior que um for fornecido.

— rcs
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Acho que nunca usaria 'cex' para controlar o tamanho do símbolo, a menos que não tivesse outra opção. Só funciona algumas vezes; a regra é que quando 'cex' é definido por meio de 'par', ele afeta o tamanho (da maioria) do texto no gráfico, quando definido dentro de 'gráfico', 'cex' afeta apenas o tamanho do símbolo. Portanto, se você aplicar incorretamente essa regra, não apenas o tamanho do seu símbolo não será alterado, mas agora você terá vários parâmetros que afetam o tamanho do texto (cex.axis, cex.lab, cex.main e cex.sub - todos fazem o mesmo trabalho como 'cex', apenas em partes). Um código como esse é difícil de manter e estender.

— doug,

Aceita. A configuração cexglobal via parmuda todos os tipos de coisas, incluindo as margens da figura, que você deve corrigir. definir cexdentro plot, no entanto, parece funcionar.

— voa em

O conselho adotado acima pelo comentário de doug não está necessariamente errado, mas exagera significativamente quaisquer problemas potenciais com o uso do cexargumento durante a plotagem. Existem muitos, muitos casos em que é útil e a melhor opção.

— joran,

lwdcontrola a largura da linha do pch, por exemplo plot(1:5, pch=1:5, col=1:5, lwd=1:5). Obrigado a sthda.com/english/wiki/…

— geneorama

pch = 20 retorna um símbolo de tamanho entre "." e 19.

É um símbolo preenchido (que provavelmente é o que você deseja).

Além disso, até mesmo o sistema gráfico básico em R permite um controle refinado do usuário sobre o tamanho, cor e forma do símbolo. Por exemplo,

dfx = data.frame(ev1=1:10, ev2=sample(10:99, 10), ev3=10:1)

with(dfx, symbols(x=ev1, y=ev2, circles=ev3, inches=1/3,
                  ann=F, bg="steelblue2", fg=NULL))

— doug
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Eu amo esse gráfico, mas gostaria que o raio fosse igual ao número de observações naquele ponto, você poderia me mostrar como fazer isso?

— Derk Arts de

pi*R^2(a superfície) deve ser proporcional ao número de observações.

— SESman

@saratis Isso fará o que você quiser:symbols(x=dfx$ev1, y=dfx$ev2, circles=sqrt(dfx$ev3/pi), inches=1/3, ann=F, bg="steelblue2", fg=NULL)

— fmark

alguma ideia de como eu poderia usar isso para plotar várias séries no mesmo gráfico? ou seja, "points (x = dfx2 $ ev1, y = dfx2 $ ev2, circles = dfx2 $ ev3, ...)" não funciona.

— Neodyme

Caso você esteja se perguntando "O que é uma polegada?" veja aqui

— MichaelChirico

Como rcs afirmou, cexfará o trabalho no pacote gráfico básico. Acho que você não está disposto a fazer seu gráfico, ggplot2mas se o fizer, há um sizeatributo estético, que você pode controlar facilmente ( ggplot2tem argumentos de função amigáveis: em vez de digitar cex(expansão de caracteres), em ggplot2você pode digitar por exemplo size = 2e você terá um ponto de 2 mm).

Aqui está o exemplo:

### base graphics ###
plot(mpg ~ hp, data = mtcars, pch = 16, cex = .9)

### ggplot2 ###
# with qplot()
qplot(mpg, hp, data = mtcars, size = I(2))
# or with ggplot() + geom_point()
ggplot(mtcars, aes(mpg, hp), size = 2) + geom_point()
# or another solution:
ggplot(mtcars, aes(mpg, hp)) + geom_point(size = 2)

— aL3xa
fonte

E, se você estiver realmente plotando dezenas de milhares de pontos, ggplot2 tem várias maneiras alternativas de fazer isso parecer bom - ajustes alfa, caixas hexadecimais, gráficos de contorno, etc. Verifique as páginas 72-77 do livro ggplot2, se houver algum em sua biblioteca ou se sua biblioteca tiver acesso eletrônico aos livros da Springer (acho que a maioria dos livros R está lá).

— Matt Parker,

Sim ... Eu uso especialmente alphaem scatterplots, para evitar overplotting.

— aL3xa

@ aL3xa Você pode usar alfa no pacote gráfico básico. Basta adicionar, por exemplo col = rgb(0, 0, 0, 0.6), opções de plotagem.

— RobJan