Depois de estabelecer que eles não correspondem, você ainda tem um problema - o que fazer a respeito. Freqüentemente, o certificado pode simplesmente ser montado incorretamente. Quando uma CA assina seu certificado, eles enviam a você um bloco que se parece com
-----BEGIN CERTIFICATE-----
MIIAA-and-a-buncha-nonsense-that-is-your-certificate
-and-a-buncha-nonsense-that-is-your-certificate-and-
a-buncha-nonsense-that-is-your-certificate-and-a-bun
cha-nonsense-that-is-your-certificate-and-a-buncha-n
onsense-that-is-your-certificate-AA+
-----END CERTIFICATE-----
eles também enviarão um pacote (geralmente dois certificados) que representa sua autoridade para conceder um certificado a você. isso vai se parecer com algo como
-----BEGIN CERTIFICATE-----
MIICC-this-is-the-certificate-that-signed-your-request
-this-is-the-certificate-that-signed-your-request-this
-is-the-certificate-that-signed-your-request-this-is-t
he-certificate-that-signed-your-request-this-is-the-ce
rtificate-that-signed-your-request-A
-----END CERTIFICATE-----
-----BEGIN CERTIFICATE-----
MIICC-this-is-the-certificate-that-signed-for-that-one
-this-is-the-certificate-that-signed-for-that-one-this
-is-the-certificate-that-signed-for-that-one-this-is-t
he-certificate-that-signed-for-that-one-this-is-the-ce
rtificate-that-signed-for-that-one-this-is-the-certifi
cate-that-signed-for-that-one-AA
-----END CERTIFICATE-----
exceto que, infelizmente, eles não serão identificados de forma tão clara.
uma prática comum, então, é agrupar tudo isso em um arquivo - o seu certificado, depois os certificados de assinatura. Mas, uma vez que não são facilmente distinguidos, às vezes acontece que alguém os coloca acidentalmente na outra ordem - assinando certificados, depois o certificado final - sem perceber. Nesse caso, seu certificado não corresponderá à sua chave.
Você pode testar para ver o que o certificado pensa que representa executando
openssl x509 -noout -text -in yourcert.cert
Próximo ao topo, você deverá ver "Assunto:" e outras coisas que se parecem com seus dados. Se, em vez disso, ele se parecer com sua CA, seu pacote provavelmente está na ordem errada; você pode tentar fazer um backup e mover o último certificado para o início, esperando que seja esse o seu certificado.
Se isso não funcionar, talvez você precise reemitir o certificado. Quando eu faço um CSR, gosto de rotular claramente para qual servidor ele se destina (em vez de apenas ssl.key ou server.key) e faço uma cópia dele com a data no nome, como mydomain.20150306.key etc. é improvável que os pares de chaves privadas e públicas se misturem com outro conjunto.