Resumindo: não é possível e, ao que parece, nunca será suportado (veja aqui https://github.com/npm/npm/issues/775 ).
Existem alguns trabalhos improvisados com o uso de CLI ou ENV-Variables (veja a resposta selecionada), .npmrc-Config-Files ou npm link
- o que todos eles têm em comum: Eles nunca são apenas específicos do projeto, mas sempre algum tipo de global
soluções.
Para mim, nenhuma dessas soluções é realmente limpa porque os contribuidores do seu projeto sempre precisam criar alguma configuração especial ou ter algum conhecimento especial - eles não podem simplesmente npm install
e funciona.
Portanto: Ou você terá que colocar seu package.json no mesmo diretório onde deseja que seu node_modules seja instalado, ou conviver com o fato de que eles sempre estarão no diretório-raiz de seu projeto.