Respostas:
A resposta está próxima, no menu de engrenagem do Projeto:

PS: Sim, é uma postagem de autoaprendizagem
Além disso, você pode ter ativado a Show Excluded Filesopção. Nesse caso, use Shift+ Shifte digite excluded e faça o que é óbvio.

Reopenesta configuração pareça ter sido reiniciada, mas se abrisse seu projeto por Openopção, funcionaria corretamente. Você deveria escrever para o suporte do IntelliJ, eu acho.
Projectvisualização, agora está sob Project Filesvisualização; ou seja, para ocultar os arquivos, você deve usar o menu suspenso no topo para alternar Project Files.
Clique com o botão direito do mouse no diretório que deseja excluir para marcá-lo como excluído e
, em seguida, desmarque a Show Excluded Filesopção.

1: Intellij IDEA> Preferências.
2: Vá para Tipos de arquivo.
3: Adicione * .iml e * .idea à caixa de listagem Ignorar arquivos e pastas na parte inferior desta janela.
File -> Settings -> Editor -> File Types