Por que você não usa os recursos de edição de várias linhas do Notepad ++?
Mantenha a tecla Alt pressionada enquanto seleciona o texto (usando sua abordagem usual de clicar e arrastar) para selecionar texto em várias linhas. Isso às vezes também é conhecido como edição de coluna.
Você pode colocar o cursor no início do arquivo, pressione (e segure) Alt, Shift e então continue pressionando a seta para baixo ou PageDown para selecionar as linhas que deseja preceder com algum texto :-) Fácil. A edição multilinha é um recurso muito útil do Notepad ++. Também é possível no Visual Studio, da mesma maneira, e também no Eclipse, alternando para o Modo de Seleção de Bloco pressionando Alt + Shift + A e, em seguida, use o mouse para selecionar o texto entre as linhas.