Isto é situacional para mim: Minha configuração: MacBook Pro (Retina: 2880x1800) + 27 'Monitor ASUS (1920 x 1080) + Tamanho de inicialização e orientação no AVD Manager definido como Auto.
Existem 2 situações em que posso iniciar o emulador:
1) Com monitor ASUS conectado ao Macbook Pro
Isso resulta em uma janela do emulador que se ajusta à altura do meu monitor ASUS. Se eu mover a janela do emulador para o MacBook - ela não é redimensionada corretamente - parte da janela do emulador fica oculta.
2) Nenhum monitor conectado ao MacBook Pro
Isso resulta em uma janela de emulador que se ajusta à altura do meu MacBook Pro. Isso é ideal porque agora posso reconectar o grande monitor ASUS e a janela ainda tem um tamanho confortável.
Isso me leva a concluir que, no caso de vários monitores - a filosofia do Android Studio é escolher o maior tamanho e tamanho da janela do emulador de acordo.
Portanto, acho que a correção de bug / aprimoramento do Android Studio pode ser redefinir o tamanho da janela do emulador com base na detecção de uma resolução diferente quando ela é movida entre monitores de resolução / dpi / ppi diferentes.
Enviei um relatório de bug para AOSP aqui:
https://code.google.com/p/android/issues/detail?id=187327&thanks=187327&ts=1443045686