Este aviso é novo para o iOS 9, pois suporta aplicativos redimensionáveis com suporte para várias janelas. Anteriormente, os aplicativos eram escalados automaticamente para novos dispositivos com resoluções de exibição de hardware diferentes daquelas na imagem de inicialização (que é basicamente como o iOS detecta as resoluções de interface suportadas). Agora, os aplicativos compatíveis com várias janelas devem definir as resoluções suportadas, incluindo uma imagem de inicialização ou storyboard para todos os tipos de tela do dispositivo.
A menos que você esteja reescrevendo seu aplicativo para oferecer suporte a várias janelas, você precisará de 'Tela cheia'. Essa é uma dica para o iOS de que você não suporta várias janelas e basicamente faz com que o iOS 9 funcione como as versões anteriores a esse respeito.
Portanto, se você estiver enviando uma atualização de aplicativo para iOS 9 e não for compatível com várias janelas, basta acessar as configurações de destino do projeto, selecionar Geral e, em 'Informações de implantação', procure a caixa de seleção chamado 'Requer tela cheia'. Marque isso e os avisos desaparecerão.
Certamente não é um bug. Se esse aviso estiver presente, seu aplicativo poderá ter problemas durante o envio. Não tenho certeza disso, porque ainda não enviei um aplicativo com iOS 9 GM Seed, mas certamente vou marcar a caixa :-)