Ao usar um terminal como o PuTTY , geralmente os cliques do mouse e as seleções não são transmitidos ao sistema remoto. Então, o vi não tem ideia de que você acabou de selecionar algum texto. (Existem exceções, mas em geral as ações do mouse não são transmitidas.)
Para deletar múltiplas linhas no vi, use algo como 5dd
deletar 5 linhas.
Se você não estiver usando o Vim , eu recomendo fortemente que o faça. Você pode usar a seleção visual, onde você pressiona Vpara iniciar um bloco visual, move o cursor para a outra extremidade e pressiona dpara excluir (ou qualquer outro comando de edição, como ypara copiar).