Para consertar, supondo que você esteja no masterbranch e queira puxá master-lo do originremoto, em novas versões do Git (1.8 ou mais recentes):
git branch -u origin/master master
(Analogamente para outras filiais e / ou remotos.)
Se você pode combinar isso com um push, é ainda mais curto:
git push -u origin master
Depois disso, um plano git pull/ git pushfará o que você espera.
Durante a série Git 1.7, git branchnão tinha o -uswitch (apenas git pushtinha) e, em vez disso, você teve que usar o muito mais longo --set-upstream:
git branch --set-upstream master origin/master
Observe a inversão de argumentos em comparação com -u. Eu me atrapalhei com esse pedido mais de uma vez.
Todos esses, a propósito, são atalhos para fazer o seguinte, o que você ainda pode fazer explicitamente:
git config branch.master.remote origin
git config branch.master.merge refs/heads/master
Antes do 1.7, você tinha que fazer dessa maneira.