Essa é uma pergunta antiga, mas para mim ainda não parece haver uma resposta completa para a pergunta do OP. A resposta escolhida sobre a segurança ser o possível problema, na verdade, muitas vezes não é o problema ao usar o plug-in 'Markdown Viewer' do Firefox em minha experiência. Além disso, o OP parece estar usando o MS-Windows, então há o problema adicional de especificar unidades diferentes.
Então, aqui está uma resposta um pouco mais completa, porém simples para o plug-in 'Markdown Viewer' no Windows (e outros renderizadores Markdown que já vi): basta inserir o caminho local como faria normalmente e se for um caminho absoluto certifique-se de começar com uma barra. Então:
[a relative link](../../some/dir/filename.md)
[Link to file in another dir on same drive](/another/dir/filename.md)
[Link to file in another dir on a different drive](/D:/dir/filename.md)
Este último foi provavelmente o que o OP estava procurando por seu exemplo. Observe que isso também pode ser usado para exibir diretórios em vez de arquivos.
Embora tarde, espero que isso ajude!