A vinculação envolve o empacotamento de todos os arquivos .obj construídos a partir de seus arquivos de origem, bem como quaisquer arquivos .lib que você fizer referência, em sua saída (por exemplo, .exe ou .dll).
Sem vinculação incremental, isso deve ser feito do zero a cada vez.
A vinculação incremental vincula seu exe / dll de uma forma que torna mais fácil para o vinculador atualizar o exe / dll existente quando você faz uma pequena alteração e recompila.
Portanto, a vinculação incremental apenas torna mais rápido compilar e vincular seu projeto.
O único efeito de tempo de execução que pode ter é que pode tornar seu exe / dll ligeiramente maior e mais lento, conforme descrito aqui:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/4khtbfyf.aspx
Edit: Conforme mencionado por Logan, o link incremental também é incompatível com a geração de código de tempo de link - perdendo, portanto, uma possível otimização de desempenho.
Você pode querer usar link incremental para compilações de depuração para acelerar o desenvolvimento, mas desative-o para compilações de lançamento para melhorar o desempenho do tempo de execução.
Atrasar DLLs carregadas pode ser o que você está pensando:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/151kt790.aspx