Para aqueles que se perguntam o que é InstantRun (primeira configuração na imagem):
E sim, desabilitar essa configuração corrige o problema.
Editar 19/01/16
'com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha6' foi lançado três dias atrás. Usando essa nova versão, o erro "Split lib_main foi definido várias vezes" desapareceu e a instalação do aplicativo foi bem-sucedida, mas agora recebo um erro de tempo de execução:
java.lang.RuntimeException: Unable to instantiate application
com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication:
java.lang.ClassNotFoundException: Didn't find class
"com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication" on path:
DexPathList[[zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk",
zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-/split_lib_main.apk"]
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: Didn't find class
"com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication" on path:
DexPathList[[zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk",
zip file "/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/split_lib_main.apk"]
Suppressed: java.io.IOException: No original dex files found for dex location
/data/app/com.onegravity.k10.pro2-2/base.apk
Suppressed: java.lang.ClassNotFoundException:
com.android.tools.fd.runtime.BootstrapApplication
Desligar a execução instantânea elimina esse erro. Vamos esperar por com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha7 ...
Editar 25/01/16
'com.android.tools.build:gradle:2.0.0-alpha7' foi lançado há dois dias.
Obtendo a mesma exceção de 2.0.0-alpha6