Tudo que você precisa é gerar um projeto XCode para o projeto OpenCV usando a ferramenta cmake ou cmake gui. Lembre-se de definir a opção para gerar projeto XCode em vez da opção padrão para usar CMakeFiles. Abra o projeto gerado, altere o SDK base para iPhone SDK e clique em build!
Como o OpenCV não suporta iOS no momento (mas eles anunciaram o suporte para iPhone na versão 2.2), a biblioteca highgui não compila. Portanto, se você precisar de acesso à câmera, deverá escrever você mesmo.
De qualquer forma, outras bibliotecas devem compilar e funcionar no dispositivo. (Funciona para mim).