Eu tive o mesmo problema exato com o mais recente Android Studio 2.3.2 e Instant Run.
Aqui está o que eu fiz: (Vou lhe dar duas maneiras de obter essa desativação para um projeto específico e a segunda para todo o estúdio Android):
- se você deseja desativar SOMENTE a execução instantânea para o projeto que não é compatível (ou seja, aquele com SugarORM lib)
na raiz do seu projeto, abra o gradle -> gradle-wrapper.properties e altere o valor
distributionUrl=https\://services.gradle.org/distributions/gradle-2.14.1-all.zip
e no seu projeto build.gradle altere o valor
classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.2.3'

- Se você deseja desativar a execução instantânea para todo o projeto (Across Android Studio)
na versão mais antiga das configurações do AS para execução instantânea é
File -> Other Settings -> Default Settings ->Build,Execution,Deployment
No entanto,
na versão mais recente do Android Studio, ou seja , 2.3.2 , as configurações de execução instantânea são:
- para Android Studio Instalado em dispositivos Apple -> Preferências ... (veja a imagem a seguir)
- para Android Studio Instalado no Linux ou Windows -> em Arquivo-> Configurações ...


Editado: se por algum motivo as configurações de execução instantânea estiverem acinzentadas, faça o seguinte:
Help-> Find Action...

e digite 'enable isntant run' e clique (agora você deve poder alterar o valor em Preferences ... ou file-> Settings ..., se for esse o caso, esse é um erro do Android Studio :-)

build.gradle
.