Respostas:
git commit -asignifica quase [*] a mesma coisa que git add -u && git commit.
Não é o mesmo git add .que adicionar arquivos não git add -urastreados que não estão sendo ignorados, apenas altera as etapas (incluindo exclusões) em arquivos já rastreados.
[*] Há uma diferença sutil se você não está no diretório raiz do seu repositório. git add -uorganiza atualizações para arquivos no diretório atual e abaixo, é equivalente a git add -u .enquanto git commit -aprepara e confirma mudanças em todos os arquivos rastreados.
git add -uficará como git commit -a; você precisará dizer explicitamente git add -u .se é isso que você quer dizer.
git add .se comporta de uma maneira diferente.
git commit -ainvoca automaticamente git addem todos os arquivos que conhece. Você pode usar git addpara selecionar quais arquivos enviar. Consulte a documentação para mais informações: aqui
git add -u