Resposta curta
Markdown não suporta cores!
TL; DR
Como as regras de sintaxe original / oficial declaram (ênfase adicionada):
A sintaxe do Markdown tem uma finalidade: ser usada como um formato para escrever para a web.
Markdown não é um substituto para o HTML, ou mesmo próximo a ele. Sua sintaxe é muito pequena, correspondendo apenas a um subconjunto muito pequeno de tags HTML. A idéia não é criar uma sintaxe que facilite a inserção de tags HTML. Na minha opinião, as tags HTML já são fáceis de inserir. A idéia do Markdown é facilitar a leitura, gravação e edição da prosa. HTML é um formato de publicação; Markdown é um formato de escrita. Portanto, a sintaxe de formatação do Markdown trata apenas de problemas que podem ser transmitidos em texto sem formatação .
Para qualquer marcação que não seja coberta pela sintaxe do Markdown, basta usar o próprio HTML.
Como não é um "formato de publicação", fornecer uma maneira de colorir o texto está fora do escopo do Markdown. Dito isto, não é impossível, pois você pode incluir HTML bruto (e HTML é um formato de publicação). Por exemplo, o seguinte texto Markdown (conforme sugerido por @scoa em um comentário):
Some Markdown text with <span style="color:blue">some *blue* text</span>.
Resultaria no seguinte HTML:
<p>Some Markdown text with <span style="color:blue">some <em>blue</em> text</span>.</p>
Agora, o StackOverflow (e provavelmente o GitHub) removerá o HTML bruto (como uma medida de segurança), para que você perca a cor aqui, mas deve funcionar em qualquer implementação padrão do Markdown.
Outra possibilidade é usar as Listas de Atributos não-padrão originalmente introduzidas pela implementação do Markuru no Markuru e posteriormente adotadas por algumas outras (pode haver mais implementações da mesma ideia, ou ligeiramente diferentes, como atributos div e span no pandoc ). Nesse caso, você pode atribuir uma classe a um parágrafo ou elemento embutido e, em seguida, usar CSS para definir uma cor para uma classe. No entanto, é absolutamente necessário usar uma das poucas implementações que realmente suportam o recurso não padrão e seus documentos não são mais portáteis para outros sistemas.