Para mim, iframes são puro mal (bem, talvez não tão puros). Eles parecem causar muitos problemas. Sim, todo o seu site será carregado uma vez e você poderá carregar apenas uma única página. Mas as pessoas inventaram o AJAX para esse propósito.
Um dos maiores problemas que encontrei iframe
foi que não consegui colar um link para uma das subpáginas, porque o URL nunca mudou (sim, sei que há uma solução alternativa para isso). Em segundo lugar, os mecanismos de pesquisa da web podem ter problemas para indexar esses sites corretamente.
Às vezes, a acessibilidade desses sites é pior e alguns navegadores podem até exibi-los indevidamente.
Existem maneiras melhores de projetar o layout sem (i) quadros. Todos os dias vejo alguém fazendo perguntas ao SO, como "Como acessar iframe com jQuery?".
Então, quais são as vantagens dos iframes? Que razão pode haver para ainda usá-los? Eu só gostaria de saber por quê :)
(já que não é uma pergunta real, é um CW)