O documento da API jinja em pocoo.org afirma:
A maneira mais simples de configurar o Jinja2 para carregar modelos para seu aplicativo é mais ou menos assim:
from jinja2 import Environment, PackageLoader
env = Environment(loader=PackageLoader('yourapplication', 'templates'))
Isso criará um ambiente de modelo com as configurações padrão e um carregador que procura os modelos na pasta de modelos dentro do pacote python de seu aplicativo .
Acontece que isso não é tão simples porque você tem que fazer / instalar um pacote Python com seus modelos nele, o que apresenta muita complexidade desnecessária, especialmente se você não tem intenção de distribuir seu código. Você pode consultar as perguntas do SO sobre o tópico aqui e aqui , mas as respostas são vagas e insatisfatórias.
O que um novato ingênuo quer fazer, obviamente, é apenas carregar o modelo diretamente do sistema de arquivos, não como um recurso em um pacote. Como isso é feito?
jinja2.load_template('template.html')