Provavelmente AES. Blowfish foi o predecessor direto do Twofish. Twofish foi a entrada de Bruce Schneier na competição que produziu AES. Ele foi julgado como inferior a uma entrada chamada Rijndael, que foi o que se tornou AES.
Interessante à parte: em um ponto da competição, todos os participantes foram convidados a dar sua opinião sobre a classificação das cifras. Provavelmente não é nenhuma surpresa que cada equipe escolheu sua própria entrada como a melhor - mas todas as outras equipes escolheram Rijndael como a segunda melhor.
Dito isso, existem algumas diferenças básicas nos objetivos básicos do Blowfish vs. AES que podem (indiscutivelmente) favorecer o Blowfish em termos de segurança absoluta. Em particular, Blowfish tenta dificultar um ataque de força bruta (exaustão da tecla) tornando a configuração da tecla inicial uma operação bastante lenta. Para um usuário normal, isso é de pouca importância (ainda é menos de um milissegundo), mas se você está tentando milhões de chaves por segundo para quebrá-lo, a diferença é bastante substancial.
No final das contas, não vejo isso como uma grande vantagem, no entanto. Eu geralmente recomendo AES. Minhas próximas escolhas provavelmente seriam Serpent, MARS e Twofish, nessa ordem. O Blowfish viria em algum lugar depois daqueles (embora haja alguns outros que eu provavelmente recomendaria antes do Blowfish).