Eu sei que este é um post antigo, mas acabei de encontrar o mesmo problema usando o Xcode 8.2. Eu já tinha duplicado os arquivos .plist e .storyboard no Finder, mas meu projeto Xcode não os selecionou. Para adicionar arquivos ao seu xcodeproj, basta clicar com o botão direito do mouse no projeto ou pasta no Navegador do projeto e selecionar Adicionar arquivos ao "Nome do seu projeto". Você deve ser capaz de selecionar os arquivos de que precisa (use a tecla Cmd para selecionar vários arquivos individuais).
Se você criou um novo arquivo .plist ou .storyboard, você precisará vincular à sua associação de destino. Para vincular, basta clicar no arquivo no navegador e, no lado direito em seu editor padrão> inspetor de arquivos> associação de destino, selecione a associação de destino apropriada.
A maneira correta de fazer isso sem duplicar arquivos no Finder é selecionar o arquivo a ser duplicado e, em seguida, ir para Arquivo> Duplicar no menu de navegação do Xcode.