Você quer contar com vírgulas porque, se contar com a construção de atribuições múltiplas, vai dar um tiro no próprio pé em um ponto ou outro.
Um exemplo seria:
>>> var a = b = c = [];
>>> c.push(1)
[1]
>>> a
[1]
Todos eles se referem ao mesmo objeto na memória, eles não são "únicos", pois sempre que você faz uma referência a um objeto (array, objeto literal, função) é passado por referência e não por valor. Portanto, se você alterar apenas uma dessas variáveis e quiser que elas ajam individualmente, não obterá o que deseja porque elas não são objetos individuais.
Também há uma desvantagem na atribuição múltipla, em que as variáveis secundárias se tornam globais e você não quer vazar para o namespace global.
(function() { var a = global = 5 })();
alert(window.global) // 5
É melhor usar apenas vírgulas e de preferência com muitos espaços em branco para que seja legível:
var a = 5
, b = 2
, c = 3
, d = {}
, e = [];
var $cls = my.namespace.Foo = function(args){ ... }