Usando JDK 1.6 ou posterior
Foi apontado por Justin nos comentários abaixo que o keytool sozinho é capaz de fazer isso usando o seguinte comando (embora apenas no JDK 1.6 e posterior):
keytool -importkeystore -srckeystore mypfxfile.pfx -srcstoretype pkcs12
-destkeystore clientcert.jks -deststoretype JKS
Usando JDK 1.5 ou inferior
OpenSSL pode fazer tudo. Esta resposta no JGuru é o melhor método que encontrei até agora.
Em primeiro lugar, certifique-se de que você tem OpenSSL instalado. Muitos sistemas operacionais já o têm instalado, como descobri no Mac OS X.
Os dois comandos a seguir convertem o arquivo pfx em um formato que pode ser aberto como um armazenamento de chaves Java PKCS12:
openssl pkcs12 -in mypfxfile.pfx -out mypemfile.pem
openssl pkcs12 -export -in mypemfile.pem -out mykeystore.p12 -name "MyCert"
NOTE que o nome fornecido no segundo comando é o apelido da sua chave no novo armazenamento de chaves.
Você pode verificar o conteúdo do armazenamento de chaves usando o utilitário Java keytool com o seguinte comando:
keytool -v -list -keystore mykeystore.p12 -storetype pkcs12
Finalmente, se necessário, você pode convertê-lo em um armazenamento de chaves JKS, importando o armazenamento de chaves criado acima para um novo armazenamento de chaves:
keytool -importkeystore -srckeystore mykeystore.p12 -destkeystore clientcert.jks -srcstoretype pkcs12 -deststoretype JKS