Parece que o eclipse mudou um pouco,
mas o método a seguir que funcionou para mim parece muito próximo ao antigo.
A solução consiste em 2 etapas:
Primeiro você deve atualizar as preferências do Eclipse ( Window > Preferences):

Certifique-se de marcar Manuale Buildao lado do que Validatorvocê precisa
(no meu caso - um javascript).
Por último, você deve alterar os validadores do seu projeto :

Clique em Client-side JavaScript Settings(ou em qualquer outro validador de que você precise):

A explicação é clara, mas basicamente o que você deve fazer é o seguinte:
Clique em Add Exclude Group..., selecione-o e clique em Add rule....
Em seguida, escolha Folder or file name(observe que há outras opções) e especifique seu arquivo / pasta.
Você deve ser capaz de verificar se está funcionando excluindo os erros / avisos existentes
e , a seguir, clique com o botão esquerdo do mouse no projeto e selecione a Validateopção.
Essa configuração também pode ser confirmada no controle de origem.