Respostas:
Claro e simples:
plt.plot(x, y, 'r-', alpha=0.7)
(Eu sei que não adiciono nada de novo, mas a resposta direta deve estar visível).
plt.plot
leva os argumentos de palavra-chave para os Line2D
quais o parâmetro alfa, entre outros, é uma propriedade de.
Depois de plotar todas as linhas, pude definir a transparência de todas elas da seguinte maneira:
for l in fig_field.gca().lines:
l.set_alpha(.7)
EDIT: veja a resposta de Joe nos comentários.
plt.plot(x, y, 'r-', alpha=0.7)
.
Realmente depende de quais funções você está usando para plotar as linhas, mas tente ver se o que você está usando usa um valor alfa e defina-o para algo como 0,5. Se isso não funcionar, tente obter os objetos de linha e defina seus valores alfa diretamente.