No MySQL, não há como especificar um mecanismo de armazenamento para um determinado banco de dados, apenas para tabelas únicas. No entanto, você pode especificar um mecanismo de armazenamento a ser usado durante uma sessão com:
SET storage_engine=InnoDB;
Portanto, você não precisa especificá-lo para cada tabela.
Como posso confirmar, se de fato todas as tabelas estão usando InnoDB?